Dissertação (mestrado) - Universidade do Vale do Itajaí, Centro de Ciências Tecnológicas da Terra e do Mar. Programa de Mestrado Acadêmico em Ciência e Tecnologia Ambiental.A carcinicultura brasileira vem apresentando produtividade crescente nos últimos anos, sendo a recordista mundial, com uma projeção de 8000 kg/ha/ano em 2005. O incremento no cultivo e o impacto potencial negativo das enfermidades não podem ser negligenciados. As doenças importantes de crustáceos são infecciosas. A presença de um agente infeccioso não implica na presença da enfermidade clínica, mas a detecção da infecção na ausência da enfermidade clínica é suficiente para o caso ser declarado. Em animais aquáticos o hospedeiro e o meio ambiente influenciam de maneira significativa o grau em que uma infecção subclínica poderá tornar-se clínica, ou os animais que sobrevivem a infecção poderão tornar-se veículos do agente por toda a sua vida. A reação em cadeia da polimerase (PCR) pode ser utilizada para a amplificação enzimática de seqüências de ácidos nucléicos que estão presentes em pequeno número, como em amostras ambientais. Permitindo ações de controle e reduzindo seus efeitos negativos. Neste trabalho foram avaliados os potenciais riscos epidemiológicos advindos de falhas estruturais, barreiras e certificação sanitária. Os estabelecimentos avaliados foram os laboratórios produtores de náuplios e pós-larvas e 07 fazendas de camarões no nordeste catarinense na safra compreendida nos meses de outubro de 2002 a julho de 2003. Os modelos utilizados são as duas principais doenças de notificação obrigatória e de maior impacto econômico para o continente americano: a Síndrome de Taura (TSV) e a Doença da Mancha Branca (WSSV). Os protocolos testados para extração de RNA e DNA com resultados eficazes foram: fenol/clorofórmio # álcool isoamilico e sílica/tiocianato de guanidina e método sílica/tiocianato de guanidina e TRIZOL Reagentâ, GibcoBRL; resultado negativo foi com o protocolo DNAzol Reagentâ, GibcoBRL Para os testes de detecção do vírus TSV e WSSV foram utilizados técnicas de biologia molecular nas metodologias descritas na literatura. Não foi detectada reação positiva em nenhuma das amostras analisadas, o que não exclui a possibilidade da ocorrência dos vírus uma vez que são necessários 2 anos de testes consecutivos para ser considerada área livre.