Este trabalho relata aspectos da educação superior em Timor-Leste, com foco na organização e na capacitação institucional, em âmbito do Ministério da Educação e da gestão da educação superior. Levados a efeito de forma indissociada aos objetivos das duas missões de cooperação técnica de que participamos, são objetivos desta análise: conhecer a organização e o processo de capacitação institucional da educação superior e elaborar estratégias de suporte ao funcionamento da educação superior no âmbito do Ministério da Educação. Para atingir tais objetivos, foi feita uma análise qualitativa dos principais documentos oficiais relativos à educação, análise de situações-problema, participação em grupos de trabalho e de capacitação de dirigentes por meio do estudo de questões específicas e delineamento de diretrizes e de prioridades. A forma de atuação deu-se por meio de ações com contrapartes timorenses e participação de dirigentes do Ministério. Como conseqüência, foram alcançados os seguintes resultados: elaboração dos termos de referência para a organização do Ministério; definição de agenda para estruturação da educação superior; definição de princípios e conceitos norteadores da gestão da educação e da formação de gestores; elaboração da legislação educacional e dos ordenamentos acadêmicos e administrativos para o Ministério e para a Universidade Nacional Timor Lorosa e. Não obstante as limitações em relação aos quadros humanos, recursos técnicos e financeiros e das peculiaridades histórico-culturais específicas daquele país, foi dado início a um longo processo para a organização e capacitação institucional no sentido da organização e do desenvolvimento da educação superior com sustentabilidade.