A informação de custos é uma das bases mais importantes das informações gerenciais das empresas, pois as discussões sobre planejar seus custos e de que forma os custos indiretos são melhor apropriados a determinados produtos ou serviços. Desta forma o objetivo desta pesquisa é verificar quais são as formas de apropriar custos indiretos em uma Instituição de Ensino Superior (IES) e compará-la com os estudos teóricos sobre o tema rateio de custos indiretos na formação do custo total. A metodologia utilizada foi a pesquisa exploratória analisada através de um estudo de caso de uma IES da região de Jaraguá do Sul – SC. Constatou-se que os critérios de rateio são realizados de forma a não levar em conta elementos fundamentais como número de alunos por sala, inadimplência e outros fatores que podem distorcer e mascarar o custo total de algumas turmas de cursos ofertados por esta IES.