Suspended lacustrine sediments from the Tietê Ecological Park - Engenheiro Goulart Leisure Center, in the São Paulo Metropolitan Region, were retained by Millex filter units and examined using a scanning electron microscope (SEM). Different phytoplankton species were observed and heavy metals were detected in their organisms or structures parts, using point analyzes obtained by energy dispersive spectrometry (EDS). The EDS spectra showed mainly zinc, iron, manganese, chromium, nickel and copper associated with silicon, aluminum, sulfur, oxygen, phosphorus and calcium in the diatom frustules and Chloroflagellate species. These results together with chemical analyzes of the lake sediments and water permitted to verify their interaction and the degree of heavy metals adsorption. The SEM-EDS method provides additional observations and represents an analytical resource that supports the initial environmental diagnostics, and orients more detailed or specific studies using smaller samples of organisms than the traditional analytical methods.Sedimentos lacustres em suspensão, do Parque Ecológico do Tietê - Centro de Lazer Engenheiro Goulart - RMSP, foram amostrados, retidos por dispositivos filtrantes e observados em microscópio eletrônico de varredura (MEV). Foi detectada a presença de diferentes espécies de diatomáceas e cloroflagelados que, com o recurso da incidência de elétrons retroespalhados, exibiam certa luminosidade, indicando a presença de metais pesados em suas estruturas. Com o emprego do EDS (energy dispersive spectrum) foi possível realizar análises químicas qualitativas pontuais das diferentes partes dessas estruturas com a finalidade de verificar o grau de interação e absorção desses metais por esses microorganismos. Os espectros EDS exibiram metais pesados, principalmente Zn, Fe, Mn, Cr, Ni e Cu associados a Si, Al, S, O, P, Ca nas estruturas das frústulas das diatomáceas e em espécies de cloroflagelados. A aplicação do sistema MEV-EDS demonstrou ser um recurso auxiliar de observação e análise química que amplia as possibilidades da execução de um pré-diagnóstico ambiental capaz de orientar estudos mais específicos, sem a utilização de grandes quantidades de amostras desses organismos, tão difíceis de obter.