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La representación visual, 3D y dinámica: las simulaciones computacionales en biología molecular
Fecha
2015Registro en:
978-987-707-014-9
Autor
Lodeyro, Penélope
Polzella, Silvia
Institución
Resumen
La representación visual, 3D y dinámica: las simulaciones computacionales en biología molecularAbstract.Es ampliamente reconocido el hecho de que las simulaciones computacionales están transformando las prácticas científicas. La química no ha escapado a su influjo, por el contrario éstas se han constituido en herramientas centrales para el desarrollo de la disciplina. Nuestro propósito es explicitar ciertos aspectos de esta transformación. En el ámbito de la bioquímica y la biología molecular se conoce que las moléculas presentan tanto propiedades físico - químicas como biológicas diferenciales ligadas a su configuración espacial. En este contexto, el rol de las simulaciones es especialmente relevante en cuanto representación.Desde hace algún tiempo, venimos sosteniendo como hipótesis general de trabajo que, dentro de la química biológica, la representación viene a sumarse a la teoría y al experimento como un tercer pilar para el desarrollo de la disciplina (Lodeyro y Polzella 2012). La representación tiene un papel capital en el desenvolvimiento de esta disciplina en tanto provee nuevas heurísticas, tanto para el desarrollo teórico como para las exploraciones experimentales. En este trabajo, consideramos que la representación se encuentra asociada al arte de construir modelos. Ni las leyes, ni las teorías, por sí solas, logran dan cuenta de la estructura molecular. No se pueden calcular de manera analítica las interacciones entre el núcleo y los electrones, y menos aún las interacciones entre moléculas. Para poder decir algo acerca de los sistemas moleculares se hace imprescindible construir modelos.En este trabajo, consideramos que la transformación radical que trajeron aparejadas las simulaciones computacionales al ámbito de la representación en biología molecular se vincula con tres atributos fundamentales: la tridimensionalidad, la dinámica y la posibilidad de volcar los resultados en un modelo visual. Mostraremos que la computadora potenció los modelos matemáticos posibilitando el tratamiento de un nuevo ámbito de fenómenos: la dinámica molecular y de interacción. Las simulaciones computacionales permiten abordar estos fenómenos con un nivel de detalle al que aún no se tiene acceso con técnicas experimentales. En ese sentido, pondremos de relieve que en virtud de sus capacidades representacionales, las simulaciones suman nuevas heurísticas y amplían las capacidades predictivas de los modelos en juego. Como veremos, la exploración realizada por la simulación, produce conocimiento nuevo y relevante.