Cystoisosporosis is the infection produced by a coccidian that invades the digestive tract causing severe anatomopathological disorders in the infected vertebrate. This parasitosis is neglected or underestimated in dogs in the Cajamarca region, Peru. The objective of the present study was to determine the copro-prevalence of Cystoisospora spp. and its oocyst morphometry in dogs from the western zone of the district of Cajamarca. Using the Faust method, 246 fecal samples were analyzed from dogs with owners of both sexes, divided into three age group (n=87 puppies: 0 to 6 months, n=43 juvenile: 6 to 12 months, and n=166 adults: > 12 months). The results showed an overall prevalence of 15.04% for Cystoisospora spp. of which 24.14% corresponded to the puppies, 20.93% to juveniles, and 6.03% to dogs older than 12 months. The oocysts observed presented yellowish green color, with the absence of micropyle and ovoid shape divided into two groups, the first with 36.63 ± 5.05 by 35.90 ± 7.71 μm and the second with 38.54 ± 4.38 by 33.74 ± 4.15 μm. It is concluded that the prevalence of Cystoisospora spp. is low, with a higher presence in puppies, which decreases with age. In addition, according to its morphometric characteristics, it would be C. canis, which requires molecular studies for its definitive identification.La cistoisosporosis es la infección producida por un coccidio que invade el aparato digestivo provocando severos trastornos anatomopatológicos del vertebrado infectado. Esta parasitosis se encuentra desatendida o subestimada en perros de la región Cajamarca, Perú. El objetivo del presente estudio fue determinar la coproprevalencia de Cystoisospora spp. y su morfometría de ooquistes en perros de la zona Oeste del distrito de Cajamarca. Mediante el método de Faust se analizaron 246 muestras fecales de perros con dueños de ambos sexos, divididos en tres grupos etarios (n = 87 cachorros: 0 a 6 meses, n=43 juveniles: 6 a 12 meses y n=116 adultos: > 12 meses). A los resultados, se encontró una coproprevalencia general a Cystoisospora spp. de 15,04%. En los cachorros muestreados se encontró 24,14% de positividad; 20,93% para juveniles y 6,03% en perros mayores de 12 meses. Los ooquistes observados presentaron color verde amarillento, con ausencia de micropilo y forma ovoide divididos en dos grupos, el primero con 36,63 ± 5,05 por 35,90 ± 7,71 µm y el segundo con 38,54 ± 4,38 por 33,74 ± 4,15 µm. Se concluye que, la prevalencia de Cystoisospora spp. es baja, con mayor presencia en los cachorros, el mismo que va disminuyendo conforme avanza la edad. Además, según sus características morfométricas se trataría de C. canis, el mismo que requiere de estudios moleculares para su identificación definitiva.