Diferentes métricas de biodiversidad se deben explorar para evaluar de manera más eficiente los cambios observados en las comunidades. Sin embargo, el desempeño de distintas métricas de biodiversidad no ha sido explorado en el golfo de Batabanó, lo que puede dificultar la selección de índices adecuados para el monitoreo ambiental. Para solventar esta problemática seis métricas de biodiversidad (riqueza de especies, equidad de Pielou, diversidad de Shannon, diversidad taxonómica, distintividad taxonómica promedio y variación en la distintividad taxonómica) fueron comparadas para determinar su congruencia y respuestas ante variables abióticas (salinidad, temperatura, turbidez, profundidad) y factores (zonas y años). Los resultados obtenidos por correlaciones entre las métricas y sus respuestas a las variables abióticas y factores analizados mostraron complementariedad entre la riqueza de especies, equidad de Pielou, diversidad de Shannon, distintividad taxonómica promedio y variación en la distintividad taxonómica, no siendo así para la diversidad taxonómica. Según los resultados de este trabajo, se sugiere el uso de la riqueza de especies y las métricas de distintividad taxonómica ∆+ y Λ+ para evaluar la calidad ambiental del golfo de Batabanó. Además se deben evaluar sus desempeños en otros grupos de organismos.