Tesis
Estudios del "regulón quorum sensing" de acidtihiobacillus ferrooxidans ATCC 23270 mediante métodos bioinformáticos y análisis de expresión génica
Fecha
2009Autor
Banderas Avalos, Álvaro Rodrigo
Institución
Resumen
Las funciones génicas reguladas por el sistema de .quorum sensing" de
Acithiobacillus ferrooxidans son desconocidas. Con el objetivo de comenzar a
caracterizarlas, se utilizó un enfoque bioinformático para identificar un conjunto de
posibles sitios de unión del regulador transcripcional AfeR en la secuencia nucleotidica
del genoma de esta bacteria. Primero, se utilizaron Modelos Ocultos de Markov para
modelar la secuencia de unión al regulador AfeR (caja afe) y encontrar secuencias
similares en el genoma. Luego, algunos sitios fueron seleccionados de acuerdo a las
características de su organización genética (i. e. la cercanfa con un codón de inicio
traduccional predicho). Posteriormente, ésta búsqueda se ref¡nó utilizando una
herramienta de identificación de motivos de secuencia compartido (MEME) y
evaluando la presencia de promotores consenso del tipo sigma 70 en las cercanías de
los sitios. Con esto, se definió un "regulón QS" putativo para A. ferrooxidans
conformado por 75 genes. lnteresantemente. estos genes incluyen al regulador
transcripc¡onal AfeR.