El objetivo del presente estudio consiste en comparar los efectos de la innovación en el producto y en el proceso en las micro, pequeñas y medianas empresas (MIPYMES) manufactureras argentinas y ecuatorianas. Se utilizó la base de datos de la Enterprise Survey del Banco Mundial (Panel 2006-2010) a través de un análisis multivariado y el control de la endogeneidad de la innovación. Los resultados evidencian que la innovación en el producto y en el proceso presentan efectos significativos diferenciales en ambos países.