Este trabajo contribuye al análisis de los determinantes de la innovación en las micro, pequeñas y medianas empresas (MIPYMES) manufactureras de la Argentina y del Ecuador. Se utilizó el panel de datos de la encuesta empresarial del Banco Mundial con la información de los años 2006 y 2010. Los resultados a través del modelo probit evidenciaron que la investigación y el desarrollo es un input explicativo importante que determina la innovación en el producto y la innovación en el proceso en ambos países. Los recursos humanos calificados y la adopción de sistemas de calidad aparecen como variables asociadas a la probabilidad de innovar en el proceso.