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Development and characterization of SSR markers for Trichloris crinita using sequence data from related grass species = Desarrollo y caracterización de marcadores moleculares SSR para Trichloris crinita usando secuencias de gramíneas filogenéticamente cercanas
Fecha
2018Autor
Kozub, Perla Carolina
Barboza Rojas, Karina
Cavagnaro, Juan Bruno
Cavagnaro, Pablo
Resumen
Trichloris crinita is among the most important native forage grasses in arid regions
of America. Despite its importance, molecular resources and sequence data are
extremely scarce in this species. In the present study, SSR markers were developed
using available DNA sequences from grass taxa phylogenetically-related to Trichloris
(Eleusine coracana, Cynodon dactylon and ‘Cynodon dactylon x Cynodon transvaalensis’).
Marker transferability was evaluated in a panel of eight T. crinita accessions and five
closely-related species. Of the 105 SSR primer pairs evaluated, 16 amplified products
of expected size in T. crinita, whereas transferability to other grass species ranged from
12 (in Chloris castilloniana) to 28 SSRs (in Eleusine coracana). Six of the 16 SSR markers
successfully transferred to T. crinita (37.5%) were polymorphic, and were further used
to assess genetic diversity in eight T. crinita accessions. The analysis revealed a total of
23 SSR alleles (3.83 alleles/locus), allowing the discrimination of all T. crinita accessions,
with pair-wise genetic similarities ranging from 0.35 to 0.81 (Jaccard coefficient). Mean
(and range) values for observed (Ho) and expected heterozygosity (He) were 0.53
(0.0-1.0) and 0.63 (0.48-0.79), respectively. Trichloris crinita es una importante gramínea forrajera, nativa de regiones áridas del
continente americano. A pesar de su importancia, no existen herramientas moleculares ni
secuencias nucleotídicas disponibles para esta especie. En este estudio, se desarrollaron
marcadores moleculares SSR (“simple sequence repeats”) a partir de secuencias nucleotídicas
de especies filogenéticamente cercanas a Trichloris (Eleusine coracana, Cynodon
dactylon y ‘Cynodon dactylon x Cynodon transvaalensis’) y se evaluó su transferibilidad
en ocho accesiones de T. crinita y cinco especies de gramíneas cercanamente emparentadas.
De los 105 pares de cebadores evaluados, 16 amplificaron productos del tamaño
esperado en T. crinita, mientras que la transferibilidad a otras especies varió entre 12
(en Chloris castilloniana) y 28 SSRs (en Eleusine coracana). De los 16 SSRs transferibles
a T. crinita, seis fueron polimórficos y se utilizaron para analizar el grado de diversidad
genética en ocho accesiones de esta especie. El análisis reveló 23 alelos, los cuales permitieron
diferenciar todas las accesiones de T. crinita, con valores de similitud genética
entre pares de accesiones de 0,35 a 0,81 (Jaccard). Se obtuvieron valores medios de
heterocigosidad observada y esperada de 0,53 y 0,63 respectivamente.