Francisella philomiragia was isolated from Atlantic salmon cage-farmed in the Llanquihue lake with outbreaks of a granulomatous disease, with high rates of morbidity and an accumulated mortalities between 5% to 20%. The isolates had 100% similarity with F. philomiragia ssp noatunensis or F. piscicida isolated in Atlantic cod, 99% similarity with Francisella sp. detected in tilapia from Asia and Central America and 99% of similarity with the reference strain F. philomiragia through 16s rDNA phylogenetic analysis.  Francisella philomiragia fue aislada de salmón del Atlántico cultivado en balsas-jaulas en el lago Llanquihue con brotes de una enfermedad granulomatosa con altas tasas de morbilidad y mortalidad acumuladas entre 5% a 20%. Los aislados bacterianos tienen 100% similitud con F. philomiragia ssp noatunensis o F. piscicida aislado de bacalao en Noruega, 99% de similitud con Francisella sp. detectado en tilapia en Asia y Centroamérica y 99% de similitud con la especie tipo F. philomiragia por análisis filogenético del gen 16s rDNA.