El manual de operaciones es una guía de procedimientos que describe las condiciones en que deben realizarse las operaciones de un proceso productivo, basado en normas de calidad y Buenas Prácticas de Manufactura (BPM). El objetivo de este trabajo fue diseñar un manual de operaciones para el proceso de fabricación de pan. Para desarrollarlo, se ejecutó una evaluación por medio de una inspección de los procesos, para determinar puntos de mejora, desde la identificación, evaluación y control de riesgos respecto a las materias primas, la infraestructura y los procesos productivos, con el fin de garantizar alimentos inocuos y de buena calidad. El perfil sanitario inicial de la planta panificadora fue de 58.2% evidenciando los aspectos a mejorar haciendo énfasis en el proceso productivo. Se obtuvo información que se utilizó para la estructuración del manual de procesos y las recomendaciones prácticas para mejorar el proceso de elaboración de pan. Se puede concluir que al implementar las acciones a corto plazo se logró incrementar el perfil sanitario a 66.7% con cambios en la documentación, buenas prácticas higiénicas y en el proceso productivo.