The arrow cane (Gynerium sagittatum Aubl.) is the raw material used for typical craftsmanship in the Colombian Northen Coast. Knowing the genetic variability allows to design and develop breeding strategies and genetic plant resource conservation. The objective of the study was to develop an AFLPs protocol to evaluate the genetic variability among 25 arrow cane accessions planted at the Universidad de Córdoba collection. A total of 223 loci ranging from 43 (E-ACC/M-CAG) to 72 loci (E-ACA/M-CTA). Primer average loci was 55,75. Combination E-ACC/M-CAG generated the highest polymorphism (39,53%). Locus profiles were different for all individuals in the population indicating a good genome scrutiny for analyzing variability and genetic structure of the species.La caña flecha (Gynerium sagittatum (Aubl.), especie originaria de la India, constituye la materia prima esencial para la elaboración de artesanías típicas en la Costa Norte Colombiana. Conocer la variabilidad genética de esta especie permite diseñar e implementar estrategias de mejoramiento y conservación de los recursos genéticos. El objetivo del estudio fue desarrollar un protocolo para caracterizar 25 accesiones de caña flecha con AFLPs. El análisis permitió detectar 223 loci que se extendieron desde 43 (E-ACC/M-CAG) hasta 72 loci (E-ACA/M-CTA) con un promedio de 55,75 loci por combinación de iniciadores. La combinación de iniciadores E-ACC/M-CAG generó el mayor porcentaje de polimorfismo (39,53%). Los diferentes perfiles de locus para todos los individuos indicaron un buen escrutinio del genoma para el análisis de la variabilidad y la estructura genética de la especie. El presente protocolo muestra por primera vez la caracterización genética a nivel molecular en caña flecha