Los virus transmitidos por artrópodos son causa de importantes encefalitis. Varios virus de las encefalitis equinas pertenecen a la familia Togaviridae género Alphavirus, además de Chikungunya y Mayaro, están los virus de la encefalitis del oeste (WEEV), encefalitis equina venezolana (VEEV) y encefalitis equina del este (EEEV). La EEEV se clasificó previamente en cuatro linajes / subtipos distintos (I - IV) (1, 2). Las cepas sudamericanas (SA) (linajes II-IV), que incluyen los aislamientos de América del Sur y Central, son genéticamente diferentes en contraste con las cepas de América del Norte (NA) que pertenecen al linaje I (3). Debido a la divergencia genética y a las diferencias significativas en la ecología y la patogénesis, los aislamientos de América del Sur de EEEV se clasificaron recientemente como una especie distinta la que se denominó virus Madariaga (MADV)(1).Viruses transmitted by arthropods are the cause of important encephalitis. Several equine encephalitis viruses belong to the family Togaviridae genus Alphavirus, besides Chikungunya and Mayaro, there are the Western encephalitis viruses (WEEV), Venezuelan equine encephalitis (VEEV) and Eastern equine encephalitis (EEEV). EEEV was previously classified into four different lineages / subtypes (I to IV) (1,2). The South American strains (SA) (lineages II-IV), which include isolates from South and Central America, are genetically different in contrast to the strains of North America (NA) that belong to lineage I (3). Due to genetic divergence and significant differences in ecology and pathogenesis, the South American isolates of EEEV were recently classified as a different species that was named Madariaga virus (1).