Este estudo objetivou investigar a percepção dos profissionais da Estratégia de Saúde da Família e de escolas sobre a intersetorialidade do Programa Saúde na Escola da cidade de Petrolina-PE. Trata-se de um estudo descritivo, qualitativo, no qual um questionário estruturado e autoaplicável conduziu a construção dos dados e, posteriormente, realizou-se a análise descritiva e de conteúdo. Os resultados mostraram que os profissionais ainda enfrentam obstáculos advindos da ausência de integração entre os setores envolvidos, despreparo de alguns profissionais, dificuldades em harmonizar cargas horárias e agendas dos diversos profissionais envolvidos, e frequência de capacitações. Conclui-se, portanto, que é necessária uma avaliação, e assim como, apoio da gestão do programa e dos demais profissionais, visando a formulação de estratégias para minimizar e superar as adversidades, tornando os profissionais aptos a atuarem de maneira equânime com as diretrizes e objetivos do programa.