Caracterização de bactérias presentes na carne bovina utilizando o sequenciamento da região V3/V4 do gene 16S rRNA

Abstract

O presente trabalho descreve como foram identificadas bactérias ao longo da cadeia de processamento de frigoríficos bovinos utilizando-se o sequenciamento de alto desempenho das regiões V3/V4 do gene 16S rRNA, com o intuito de verificar a presença de bactérias relacionadas à deterioração do tipo Blown Pack. Para testar se existia diferenças estatísticas na diversidade das amostras foi usado o teste Wilcoxon. A identificação de espécies diferencialmente abundantes nos tratamentos foi realizada com o pacote de programas DESeq2 onde foi aplicado o Walt test com uso do modelo ‘negative binomial’ para normalização dos dados. A dispersão dos grupos de bactérias relacionadas com estufamento que possuíam maior abundância foi avaliada através da comparação de 100% de semelhança genética na região do 16S rRNA entre as amostras ao longo do processo produtivo. Utilizando métodos estatísticos de comparação genômica a nível de gênero e/ou espécie foi possível demonstrar a presença de bactérias deteriorantes relacionadas com estufamento de carnes embaladas à vácuo, sua abundância, os locais de maior prevalência e diferenças significativas entre as amostras.

The present work describes how bacteria were identified along the cattle slaughterhouses processing chain using the high performance sequencing of the V3/V4 regions of the 16S rRNA gene, in order to verify the presence of bacteria related to Blown Pack spoilage. The Wolcoxon test was used to test whether there were statistical differences in the diversity of the samples. The identification of differentially abundant species in the treatments was performed with DESeq2 program package where the Walt test was applied using the ‘negative binomial’ model for data normalization. The dispersion of the groups of bacteria related to Blown Pack spoilage that had greater abundance was evaluated by comparing 100% of genetic similarity at the 16S rRNA region between the samples throughout the productive process. Using statistical methods of genomic comparason at the genus or/and species level it was possible to demonstrate the presence of spoilage bacteria related to Blown Pack vacum packed meats, their abundance, the sites with highest prevalence and significant diferences between the samples.