O objetivo da presente pesquisa é apresentar uma metodologia inovadora para ensaios respirométricos em amostras indeformadas de leitos de sistemas alagados construídos (SAC) de escoamento horizontal subsuperficial em escala real. O método compila adaptações do reator de leito fixo (Planted Fixed Bed Reactor) desenvolvido no UFZ (Alemanha) e do método respirométrico com colunas de escoamento descendente, além de inovações propostas pelos presentes autores para obtenção de amostras indeformadas. Foram realizados ensaios respirométricos utilizando amostras indeformadas de SAC em escala real maduro, plantadas com duas espécies (Typha latifolia e Canna x generalis). As taxas de respiração endógena nas amostras de Typha latifolia (1 mgO2/L.h-1) foram inferiores às de Canna x generalis (3 a 4 mgO2/L.h-1) Os resultados validam o método para ensaios respirométricos com amostras indeformadas de SAC e sugerem influência espécie específica nas taxas de respiração e comunidades microbianas no leito.