O consumo de produtos naturais, fitoterápicos e suplementos, contendo isoflavonas, aumentaram na última década, especialmente pelas descobertas dos efeitos benéficos causados por estes compostos associados com o alívio de sintomas, principalmente aos causados pela menopausa em mulheres que apresentam a perda hormonal. Como não há trabalhos relatando quantidades mínimas de isoflavonas nas formas glicosídicas (daidzina, glicitina e genistina) e agliconas (daidzeína, gliciteína e genisteína), contidas nos extratos secos e cápsulas manipuladas por farmácias denominadas de manipulação, ou até mesmo metodologia oficial para o controle de qualidade. O presente estudo objetivou, desenvolver um método quantitativo de análise de isoflavonas em extrato seco de soja, utilizados como matérias primas, para obtenção de cápsulas fitoterápicas, comercializadas livremente sem qualquer fiscalização do comércio brasileiro. A análise quantitativa de isoflavonas em extrato seco de soja e manipulados foi realizada utilizando a cromatografia líquida de alta eficiência (CLAE) revelando grandes variações nos teores de isoflavonas, dependendo do fornecedor e manipulador. As variações ocorreram para os lotes padronizados a 40% de isoflavonas em 100g de extrato e para as formas manipuladas, que são comercializadas com rótulos de 20 mg de isoflavonas. As maiores distorções nos valores foram encontrados para os compostos daidzeína 60,5% e genisteína 451%. Portanto, é necessário a adoção de métodos de padronização e caracterização das matérias- primas, bem como certificação das empresas comercializadoras, uma vez que esses fitoterápicos são, em muitas vezes, indicado seu consumo por profissionais da área médica.