O queijo colonial ou artesanal é um tipo de queijo produzido de uma forma mais simples e em menor escala, a intenção de sua produção é incrementar a renda familiar de pequenos produtores rurais. Questões higiênico-sanitárias devem ser levadas bem a sério na produção de qualquer tipo de alimento para prevenção de riscos biológicos, como a contaminação por microrganismos patogênicos. O presente estudo teve como objetivo caracterizar microrganismos que indicam falhas nas condições higiênicos-sanitárias, através de análises laboratoriais especificas para cada tipo de microrganismos, sendo eles observados por falhas: os coliformes totais e termotolerantes e Staphylococcus aureus.