O café é uma planta com grande presença econômica tanto no Brasil como no resto do mundo, mas é uma planta que, em geral, não foi muito estudada pela comunidade científica usando técnicas de RNA-Seq. Recentemente, dados de RNA-Seq de plantas do gênero Coffea foram disponibilizados pelo consórcio ACGC para a realização de pesquisas. Este trabalho foca na análise do perfil de expressão de RNAs pequenos e longos não-codificantes via uso de técnicas de RNA-Seq. Para tanto, o estudo de caso será feito no café, sendo as plantas usadas no estudo do gênero Coffea.