La neumonía adquirida en la comunidad (NAC) es una causa relevante de morbilidad y mortalidad. Los métodos convencionales fracasan en la detección de Mycoplasma pneumoniae, Chlamydophila pneumoniae y Legionella pneumophila. Estas bacterias pueden generar procesos infecciosos crónicos y no responden a ciertos antibióticos empleados en el tratamiento empírico de la NAC. Nuestro objetivo fue detectar de forma simultánea, mediante métodos moleculares, M. pneumoniae, C. pneumoniae y L. pneumophila en muestras respiratorias de pacientes con NAC, y describir los gérmenes comunes aislados por métodos microbiológicos convencionales. Estudio observacional descriptivo de corte trasverso realizado en el año 2011, en el que se analizaron 60 muestras respiratorias provenientes de pacientes con NAC atendidos en el INERAM (Instituto de Enfermedades Respiratorias y del Ambiente). Para la PCR múltiple se emplearon primers específicos para genes de los tres microorganismos citados. El protocolo de estudio fue aprobado por los comités científico y ético del IICS y se mantuvieron en estricta confidencialidad los datos personales de los pacientes. La PCR múltiple permitió la amplificación de los genes específicos de estos microorganismos con límites de sensibilidad comprendidos entre 0,05 y 0,001 ng/μL de ADN. M. pneumoniae y C. pneumoniae estuvieron presentes respectivamente en el 18,3% y 1,7% del total de muestras analizadas. No se detectó la presencia de L. pneumophila. Los gérmenes comunes más frecuentemente aislados fueron estreptococos del grupo viridans y Candida spp.La técnica de PCR múltiple permitió detectar M. pneumoniae, C. pneumoniae y L. pneumophila, siendo el primero de los tres el más frecuentemente detectado en pacientes con NAC.