Given the importance of using endophytic bacteria for the control of cocoa diseases, the objective of this study was to build the phylogenetic tree and characterize the endophytic endospore-forming bacteria based on the cropping altitude, age and tissue of the cocoa plant in a producing area of the Esmeraldas province, in Ecuador. The isolation of bacteria was done from healthy pods and flower pedicels from cocoa Criollo Type Nacional cultivar. Forty-five endospore forming endophytic bacteria were recovered from healthy pods and flowers pedunculus, mainly from endocarp. No association was found between the number of bacterial isolates and the age of the fruit, although there was a slight tendency for the isolates to decrease towards the higher altitude sites.Dada la importancia que tendría el uso de bacterias endófitas para el control de las enfermedades del cacao, el objetivo de este estudio fue construir el árbol filogenético y caracterizar las bacterias endofíticas formadoras de endosporas en función de la altitud, la edad y el tejido de la planta de cacao en una zona productora de la provincia de Esmeraldas en Ecuador. El aislamiento de las bacterias se realizó a partir de secciones de tejidos de mazorcas y pedicelos de la flor en cultivares de cacao Criollo tipo Nacional. Se obtuvieron 45 aislados de bacterias endófitas formadoras de endosporas, asociados principalmente con tejidos del endocarpio. El árbol filogenético reveló que todas las bacterias pertenecen al género Bacillus. No se encontró relación entre el número de aislados bacterianos con la edad de la planta, aunque hubo una ligera tendencia a la disminución de los aislados hacia los sitios de mayor altitud.