El conocimiento de la diversidad genética existente en el germoplasma de caña de azúcar permite planificar cruces más efectivos con el propósito de producir nuevos cultivares. El objetivo de este trabajo fue evaluar la diversidad genética, mediante la utilización de marcadores moleculares intermicrosatélites (ISSR), en una muestra de 62 genotipos obtenido del banco de germoplasma de caña de azúcar del Instituto Nacional de Investigaciones Agrícolas (INIA). Se evaluaron cinco cebadores que generaron 156 bandas polimórficas en un rango de 240 y 3430 pb. El Análisis de Coordenadas Principales (ACOP) ubicó a los genotipos en tres grupos, con una similitud genética media de 0,46Ó0,0046; 0,42Ó0,0061 y 0,46Ó0,0085, respectivamente. Los resultados obtenidos permiten sugerir que los genotipos con caracteres agronómicos deseables de un grupo distante del otro pudieran ser dirigidos en cruzas con la intención de generar más variabilidad genética.