El Estudio de Casos es conocido dentro de los métodos de investigación por su creciente utilización en el campo de las ciencias sociales, de la salud y de la educación. El objetivo de este artículo es la presentación de un conjunto de reflexiones en torno a la utilización de este método, destacando la necesidad de establecer conexiones entre los elementos que conforman la complejidad del fenómeno estudiado. El trabajo es presentado en dos partes. En la primera parte se expone la revisión de la literatura relacionada con el tema y en la segunda parte se presenta un protocolo de estudio de casos bajo el enfoque transdisciplinar. Del análisis de la información se concluye que, dada la complejidad de gran parte de los fenómenos humanos, la aplicación del Estudio de Casos bajo este enfoque, permite una detallada descripción y explicación del caso a partir de su propia dinámica interna y de la relación con su entorno.