A survey was conducted in experimental and commercial onion (Allium cepa L.) fields in the southern region of Puerto Rico to isolate and identify fungi associated with this crop. Fungi were isolated from air, soil, and tissue from leaves and bulbs that showed typical disease symptoms. Commercial seeds from three onion cultivars commonly used in Puerto Rico were examined. Overall, Aspergillus niger was the fungus most frequently isolated from soil, bulbs and seeds. Fusarium spp. and Penicillium spp. were frequently isolated from air; A. niger, Fusarium and Cladosporium, from soil; and A. niger, Penicillium and Sclerotium rolfsii, from bulbs. In onion foliage, Alternaria was the most common genus, followed by Stemphylium and Nigrospora. In commercial onion seeds, A. niger and Rhizopus in combination were the most frequent.Se realizó un catastro en siembras de cebolla (Allium cepa L.) experimentales y comerciales de la zona sur de Puerto Rico con el propósito de aislar e identificar los hongos asociados al cultivo. Se aislaron hongos de muestras de aire, suelo, y de tejido de hojas y bulbos que mostraron síntomas típicos de enfermedad. Se examinaron semillas de tres cultivares comerciales de cebolla comúnmente utilizados en Puerto Rico. De todos los hongos aislados, Aspergillus niger fue el hongo más frecuente en el suelo, bulbos y semillas de cebollas; Fusarium spp. y Penicillium spp. fueron aislados frecuentemente del aire; A. niger, Fusarium y Cladosporium del suelo; y A. niger, Penicillium y Sclerotium rolfsii de los bulbos. En el follaje de la cebolla, Alternaria fue el género más común, seguido por Stemphylium y Nigrospora. En semillas comerciales de cebolla, A. niger y Rhizopus en combinación fueron los más frecuentes.