Alternaria isolates were collected from onion foliage at different stages of the plant life cycle. Incidence of Alternaria species in cultivars 'Mercedes' and 'Excallbur' was determined during two consecutive growing seasons in fields located In southern Puerto Rico. Leaves showing purple to brown sunken elliptical lesions with chlorotic halos were taken at random. Five leaf sections (0.5 cm) from each sample were superficially disinfested, transferred to culture media and incubated, and isolations were documented. Disease incidence ranged from 25 to 52% in 60- to 100-day-old plants. An increase in Alternaria incidence was observed in response to high relative humidity in the fields. A total of 280 isolates were obtained, and 35 were selected for morphological, pathogenic and molecular characterization. A complex of five different Alternaria species is associated with onion leaf blight on the island. Alternaria destruens, A. tenuissima, A. palandui, A. allii and a group of small-spore Alternaria sp., belonging to a taxonomically undescribed group, were identified. Sixty-two percent of selected isolates belong to this group having an A. arborescens intermediate sporulation pattern. Alternaria destruens and A. palandui have not been previously reported as associated with onions in the Caribbean or in the Western Hemisphere. Pathogenicity tests showed that A. allii, A. tenuissima and Alternaria sp. were pathogenic to onion foliage, with A. allii as the most virulent. Molecular characteristics of the isolates were determined by using the ITS of the rDNA gene. Phylogenetic relationships based on rDNA ITS sequences from Alternaria isolates and other Pleosporaceae distinguished three clades. The first clade of large filiform-beaked spores included A. allii from this study, as well as isolates from the GenBank (A. porri, A. solani, A. macrospora, A. zinniae and A. sesamicola). These formed a monophyletic group, discrete from other members of the genus. The second clade included a diverse group of smallspore Alternaria: A. tenuissima, A. alternata, A. palandui, A. destruens and Alternaria sp.; the third clade included Stemphylium spp.Se colectaron aislados de Alternaria del follaje de cebolla en diferentes etapas del ciclo de vida de la planta. Se determinó la incidencia de las especies en los cultivares Excalibur y Mercedes durante dos épocas consecutivas de crecimiento en predios localizados en el sur de Puerto Rico. Se colectaron hojas al azar que mostraban lesiones elípticas hundidas de coloración púrpura a marrón con halos cloróticos. Se desinfestaron superficialmente cinco secciones (0.5 cm) de las hojas por cada muestra, se transfirieron a medio de cultivo, se incubaron y se documentaron los aislamientos. La incidencia de la enfermedad fluctuó de 25 a 52% en plantas de 60 a 100 días de madurez. Se observó un aumento en la incidencia de Alternaria en respuesta al aumento en la humedad relativa en los predios. En total se obtuvieron 280 aislados, de los cuales 35 se seleccionaron para la caracterización morfológica, patogénica y molecular. Un complejo de cinco especies diferentes de Alternaria está asociado a la quemazón o tizón de la hoja de cebolla en la isla. Se identificó a A. destruens, A. tenuissima, A. palandui, A. allii y un grupo de Alternaria sp. de esporas pequeñas perteneciente a un grupo taxonómicamente no descrito. Sesenta y dos por ciento de los aislados seleccionados pertenecen a este grupo, caracterizado por el patrón de esporulación intermedio de A. arborescens. Alternaria destruens y A. palandui no han sido reportadas anteriormente asociadas a cebolla en el Caribe ni en el Hemisferio Occidental. Las pruebas de patogenicidad mostraron que A. allii, A. tenuissima y Alternaria sp., fueron patogénicas al follaje de cebolla, siendo A. allii la más virulenta. Se utilizó la región ITS del rADN para la caracterización molecular de los aislados. Las relaciones filogenéticas basadas en las secuencias de la región ITS del rADN de los aislados de Alternaria y otras Pleosporaceae distinguen tres grupos o ciados. El primer ciado de aislados con esporas grandes y puntas filiformes incluye a A. allii, aislados durante este estudio, así como secuencias de aislados obtenidos del GenBank (A. porri, A. solani, A. macrospora, A. zinniae y A. sesamicola). Estas especies forman un grupo monofilético separado de otros miembros del género. El segundo ciado incluye un grupo diverso de Alternaria de esporas pequeñas: A. tenuissima, A. alternata, A. palandui, A. destruens y Alternaria sp.; y un tercer ciado que incluye a Stemphylium spp.