Aquatic fungi were isolated from sea foam, leaf litter, beach sand, and driftwood in an estuary known as "La Boca" (river mouth) of the Manatí River in Barceloneta, northern Puerto Rico. Observations of the baits (sterilized balsa wood) and incubated organic debris, revealed the presence of 28 species of aquatic fungi, 13 of which belong to the ascomycetes and 15 to the mitosporic fungi. The species Arenariomyces triseptatus, Corollospora cf. colossa, C. filiformis, Halosphaeria sp., Kirschsteiniothelia sp., Astrosphaeriella aff. mangrovei, Torpedospora radiata (Ascomycota), Brachiosphaera tropicalis, Campylospora sp., and Clavatospora bulbosa (Mitosporic fungi) were the most common in the samples. Eleven species are new records for Puerto Rico; six fungal isolates could not be identified. Se aislaron hongos acuáticos de la espuma de mar, hojarasca, arena playera y madera a la deriva de un estuario conocido como "La Boca" (boca de río) del Río Manatí en Barceloneta, al norte de Puerto Rico. Las observaciones de los cebos (madera de balsa esterilizada) y material orgánico incubado, revelaron la presencia de 28 especies de hongos acuáticos, de los cuales 13 pertenecen a los ascomicetos y 15 a los hongos mitospóricos. Las especies Arenariomyces triseptatus, Corollospora cf. colossa, C. filiformis, Halosphaeria sp., Kirschsteiniothelia sp., Astrosphaeriella aff. mangrovei, Torpedospora radiata (Ascomycota), Brachiosphaera tropicalis, Campylospora sp. y Clavatospora bulbosa (Hongos Mitospóricos) fueron las más comunes en las muestras. Once especies son registros nuevos para Puerto Rico y se aislaron seis hongos que no pudieron ser identificados.