Coffee fruits with different types of spots were collected on coffee farms at various locations in Puerto Rico. Fruits were classified on a scale from 0 to 6 on the basis of color and morphology of the lesions. Three methods were used to isolate the mycoflora from the lesions. Species of Colletotrichum, Fusarium, Cercospora, Trichoderma, Penicillium, Cladosporium y Aspergillus were isolated with variations in frequency. Wounds and fruit maturation influenced lesion length and pathogenicity of some isolates. Pathogenicity trials identified Cercospora coffeicola, Fusarium solani, F. oxysporum, Colletotrichum gloeosporioides and C. dematium as primary pathogens in the etiology of fruit spots in coffee.En cafetales de varias localidades de Puerto Rico, se recolectaron frutos de café con diferentes tipos de lesiones. Las frutas se clasificaron en una escala de 0 al 6 de acuerdo a la forma y color de las lesiones presentes. Se utilizaron tres métodos para aislar la micoflora de las lesiones. Especies de Colletotrichum, Fusarium, Cercospora, Trichoderma, Penicillium, Cladosporium y Aspergillus fueron aisladas de las frutas con variaciones en frecuencia. Las heridas y el estado de maduración de la fruta influenciaron el tamaño de la lesión y la patogenicidad de algunos aislados. Pruebas de patogenicidad identificaron a Cercospora coffeicola, Fusarium solani, F. oxysporum, Colletotrichum gloeosporioides y C. dematium como patógenos primarios en la etiología de las manchas de las frutas de café.