Limited research has been completed on the root rot complex of common bean (Phaseolus vulgaris L.) in the Caribbean, while yield losses of over 50% due to root rot disease have been reported worldwide. In this study, the predominant root rot pathogens in a 43-year old common bean root rot nursery in Isabela, Puerto Rico, were identified using standard and molecular diagnostic techniques over four planting periods. Evaluations were conducted from Dec. 2009 to Sept. 2012. The most prevalent fungi identified were Fusarium solani, causal agent of Fusarium root rot; Macrophomina phaseolina, causal agent of charcoal rot;and Sclerotium rolfsii, which causes southern blight. Pythium aphanidermathum and Pythium graminicola were also identified during the 2012 evaluation, which cause damping-off and root rot. Other fungi, such as Rhizoctonia solani, were isolated from root and hypocotyl tissue with less frequency. The incidence of the predominant soil-borne pathogens was largely correlated across seasons. Low nitrogen levels in the soil,and low nitrogen,phosphorus,potassium,and magnesium in leaf tissue were identified in the nursery and have been achieved through no application of fertilizer. Knowledge of the prevalence of soil borne pathogens and fertility conditions will be used for targeting the selection of breeding materials at the Isabela root rot nursery and in other testing locations. La investigación sobre el complejo de la pudrición radicular del frijol (Phaseolus vulgaris L.) ha sido muy limitada, mientras que mundialmente se han informado pérdidas en el rendimiento superiores al 50% debido a pudrición de raíz. En este estudio se identificaron los patógenos predominantes en un vivero de Isabela de 43 años de monocultivo de frijol, utilizando métodos de diagnóstico estándares y moleculares en cuatro ciclos de cultivo. Las evaluaciones se realizaron desde diciembre 2009 hasta septiembre 2012. Los hongos prevalentes identificados fueron: Fusarium spp., siendo F. solani el causante de la pudrición de raíz por Fusarium; Macrophomina phaseolina, que causa la pudrición carbonosa, y Sclerotium rolfsii, que causa el tizón sureño. Pythium aphanidermathum y Pythium graminicola también se identificaron durante la evaluación del 2012, causando el "damping-off" y pudrición de raíz. Otros hongos, como Rhizoctonia solani, se aislaron desde las raíces y el tejido del hipocótilo con menor frecuencia. La incidencia de los patógenos de suelo predominantes estuvo correlacionada a través de los ciclos evaluados. En el vivero se identificaron bajos niveles de nitrógeno en el suelo, y bajo nitrógeno, fósforo, potasio y magnesio en el tejido foliar; estos bajos niveles se debieron a que no se realizaron aplicaciones de fertilizantes. El conocimiento de la prevalencia de los hongos de suelo y las condiciones de fertilidad serán utilizados para la selección de materiales de frijol para mejoramiento en el vivero de pudrición de raíz en Isabela, Puerto Rico, y en otros lugares de evaluación.