Esta investigación consistió en la caracterización de los microorganismos presentes en el humedal Quebrada de Guaranao bajo el enfoque de la Microbiología Ambiental. Se aplicó 3 muestreos en 4 estaciones representativas en los componentes agua, suelo y aire, para aislar y caracterizar hongos y bacterias determinando la diversidad funcional. Se evaluaron microalgas en el agua y parámetros de pH, oxígeno disuelto (OD), temperatura (°C) y coliformes. Los diplococos Gram negativos fueron el grupo más representativo en el componente agua y aire, seguido de los cocos Gram negativos en el suelo. En todos los componentes la principal especie fúngica fue Aspergillus flavus seguido de A. niger. La diversidad funcional fue de 0,72 en aire, 0,76 delsuelo y 0,90 en agua. En el agua las clorofitas se identificaron como grupo mayoritario, el rango de pH fue 5,8 - 6,0, oxígeno 5 18 mg/L, temperatura promedio 33°C, y los coliformes NMP/100 ml_2,2-_16.