El presente trabajo analiza la creación y el funcionamiento de la Subprefectura del Yaqui,demarcación política que se creó en Sonora en 1853, con el objetivo de pacificar a suspobladores e impulsar la colonización y la explotación agrícola de su fértil valle. Fue poresto que las autoridades se enfrentaron a una fuerte resistencia por parte de los indígenas,quienes, a través de diversos medios, ahuyentaron a los colonos y provocaron que la subprefecturadesapareciera a una década de su creación. Partiendo de la nueva historia políticase estudian las estructuras de poder para identificar las relaciones entre autoridades eindígenas, analizando, especialmente, las negociaciones o resistencias que se presentarony la forma en que estas determinaron el éxito o el fracaso de la colonización.Palabras Clave: Subprefectura, Yaquis, Colonización, Liberalismo, Frontera.