La citometría de flujo (CMF) es una técnica analítica en la cual las partículas que se encuentran en suspensión pasan de una en una frente a una fuente de luz, típicamente un haz de luz láser. Esto genera cambios en la dispersión de la luz, lo cual se traduce digitalmente a través de un sistema electrónico para brindar información sobre las características de tamaño y complejidad de la partícula analizada. La mayoría de las aplicaciones de la citometría de flujo se basan en el monitoreo de la fluorescencia y los parámetros medibles pueden ser intra o extracelulares, para ellos se emplean marcadores fluorescentes y se requiere que las células sean teñidas previo a su análisis. En Venezuela la citometría de flujo ha sido una herramienta utilizada para la evaluación de posibles agentes farmacológicos en distintas patologías como cáncer e inflamación e internacionalmente se ha empleado para la evaluación de cultivos bacterianos y fúngicos además otras múltiples aplicaciones. En este trabajo se describirán algunos de los procesos biotecnológicos en los que la citometría de flujo ha sido empleada y generados aportes significativos a lo largo de las últimas décadas.