Se desarrolló una herramienta molecular para la identificación de L. chagasi y su diferenciación de L. infantum; las cuales han sido consideradas dentro del zimodemo MON-1, ambas son difíciles de distinguir utilizando métodos isoenzimaticos (MLEE). Sin embargo, se ha realizado un enorme esfuerzo para desarrollar marcadores moleculares especie específicos para el diagnóstico e identificación de estos parásitos. Se utilizaron dos oligonucleotidos diseñados a partir de la secuencia del gen de la Ca+2 ATPasa, en una reacción de PCR con ADN genómico de aislados de Leishmania; la posterior digestión de los productos de PCR con la enzima HaeIII reveló una banda de aproximadamente 600 pb exclusivamente en L. chagasi. La banda fue cortada del gel para purificar el ADN, el cual fue utilizado como sonda para hibridar un panel de ADN de diferentes especies de Leishmania. Los resultados del Southern blotting de ADN digerido con varias enzimas e hibridado con la sonda de 600 pb marcada con biotina mostró tres bandas de hibridación solo en L. chagasi. La hibridación en dot blot de productos de PCR de las mismas especies, solo resultó positiva para L. chagasi. Este marcador es una nueva evidencia para soportar el status de L. chagasi como una verdadera especie dentro del sub genero Leishmania. No se observó hibridación con L. infatum ni con ninguna otra especie. Estos resultados constituyen una herramienta para estudios epidemiológicos ya que permiten diferenciar entre dos especies estrechamente relacionados.