Tesis
Diversidad y estructura genética de 731 accesiones de la Colección Nacional de Yuca (Manihot esculenta Crantz) del Banco de Germoplasma del Instituto Nacional de Innovación Agraria usando polimorfismos de nucleótidos simples (SNPs)
Date
2021Registration in:
Vigil, B. (2021). Diversidad y estructura genética de 731 accesiones de la Colección Nacional de Yuca (Manihot esculenta Crantz) del Banco de Germoplasma del Instituto Nacional de Innovación Agraria usando polimorfismos de nucleótidos simples (SNPs). [Tesis de pregrado, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Facultad de Ciencias Biológicas, Escuela Profesional de Genética y Biotecnología]. Repositorio institucional Cybertesis UNMSM.
Author
Vigil Santillan, Bianca Estefani
Institutions
Abstract
La yuca, Manihot esculenta Crantz (Euphorbiaceae), es uno de los cultivos de
subsistencia más importantes a nivel mundial. En el Perú, la raiz tuberosa de yuca es la
más consumida por los pueblos indígenas de la región Amazónia, estando su consumo
segundo despúes de la papa, como fuente de energía calórica. El objetivo del presente
trabajo fue evaluar la diversidad y estructura genética de 728 accesiones de yuca,
conservadas en la Colección Nacional de Yuca del INIA, usando 1,271 SNPs obtenidos
de un ddRADseq (de 731 accesiones) y distribuidos de manera proporcional en los 18
cromosomas, que dan una visión global de todo el genoma. Los valores promedio de
PIC, MAF, Ho y He, fueron; 0.245, 0.197, 0.319 y 0.293 respectivamente, que indican
un elevado valor de diversidad genética conservada en la colección. La agrupación a
priori en base a lugar de origen o procedencia (país o región) que actualmente usa el
INIA, no logra explicar la diversidad contenida en la colección, corroborado por los
valores de AMOVA (diversidad >87% entre las accesiones), Fst (0.0645) y PCA. Sin
embargo, con el análisis de DAPC, se encontró que la colección se ordena en 12 grupos
genéticos, respaldados por los altos valores de asignación individual (PAI) de cada
accesión (>0.98). No se encontró una correspondencia entre genotipo y origen o
procedencia, a excepción de 65 accesiones de Ucayali que forman exclusivamente, 2
de los 12 grupos genéticos encontrados. Estos resultados, demuestran el alto
intercambio de material vegetal entre las diferentes regiones peruanas, debido al cultivo
tradicional en el sistema de “chacras”, las relaciones socioculturales de parentesco y
reciprocidad de los pueblos indigenas andino-amazonicos, y por el fenómeno de
volunteer seedling de su reproducción sexual. Los resultados proporcionan, una mejor
comprensión de la variabilidad genética conservada en la colección y la agrupación a
nivel nacional en base a genotipos.