La entomología forense utiliza la presencia, abundancia y colonización de artrópodos en un cadáver para brindar evidencia durante una investigación criminal. Esta investigación representa el primer trabajo sobre la evaluación de entomofauna relacionada a cadáveres en la provincia de Guayas y consistió en la captura e identificación de dípteros asociados a cadáveres de cobayos, Cavia porcellus, en dos localidades dentro de la ciudad de Guayaquil. Se utilizaron trampas Van Someren Rydon modificadas para la captura de moscas y se registró temperatura y pluviosidad en cada colecta. Se colectó 4114 individuos, pertenecientes a cuatro familias, 18 géneros y 29 especies. La localidad Monte Sinaí presentó un mayor número de especies de dipteros asociados al cadáver de cobayo, las especies más dominantes durante el trabajo fueron Chrysomya albiceps y Musca doméstica, las cuáles podrían servir como indicadores en la estimación del IPM. Se encontró especies restringidas a cada localidad, así, por ejemplo, Mesembrinella bellardiana está únicamente en el sendero Canoa, mientras que Ophyra aenescens y Atherigona orientalis se encontraron exclusivamente en Monte Sinaí, lo cual les otorga relevancia para la investigación forense en casos de traslados de cadáveres.