Introducción: En Chile existe alto porcentaje de sedentarismo que trae como consecuencia factores de riesgo de obesidad y enfermedades crónicas no transmisibles. Un medio no farmacológico para tratarlas es el ejercicio físico, que practicado de manera regular reduce factores de riesgo. Objetivo: determinar los efectos del entrenamiento interválico aeróbico de alta intensidad y fuerza muscular en funcionarios obesos con ECNT en una universidad chilena. Método: Se aplicó un programa de 16 semanas en el que participaron 18 funcionarios universitarios voluntarios, quienes fueron asignados a un grupo de entrenamiento o a un grupo control. Este programa consistió en ejercicios interválicos en bicicleta y de fuerza muscular localizada, ambos de media-alta intensidad con duración de 30 minutos por sesión, tres veces por semana. Se comparó pre y postest intragrupo (GE y GC) con la prueba T-Student de muestras relacionadas y cada pre test y cada postest intergrupo con T-Student para muestras independientes, (p<0,05) entre ambos grupos. Resultados: En el grupo control se mantuvieron y no modificaron las diversas variables evaluadas, aunque se encontraron aumentos en los triglicéridos, presión arterial sistólica y diastólica, en contraste con el grupo de entrenamiento, quienes reportaron una disminución significativa en el perímetro de cintura (Pre test:101,33; Postest: 97,22) y el ICE (Pre test:0,65; Postest: 0,62) (p=0,017), en la presión arterial sistólica, la presión arterial diastólica, triglicéridos y la frecuencia cardiaca de reposo, aunque no significativos. En el colesterol total hubo aumentos, aunque no significativos. Por otra parte, el doble producto (frecuencia cardiaca x presión arterial sistólica) solo se redujo en el grupo de entrenamiento. Conclusiones: Los datos sugieren que el entrenamiento interválico aeróbico de media-alta intensidad mejora la respuesta hemodinámica en ejercicio submáximo en pacientes con obesidad y ECNT. La disminución del perímetro abdominal y el ICE es un buen indicador de la mejora de adiposidad corporal.