Análisis del Algoritmo Genético Celular para el Problema de Ensamblado de Cadenas de ADN

Abstract

En este trabajo, presentamos un análisis del comportamiento de un Algoritmo Genético Celular (cGA) aplicado al Problema de Ensamblado de cadenas de Ácido Desoxirribonucleico (ADN- FAP). Se construyeron 12 configuraciones para algoritmo basadas en dos operadores de mutación y dos tamaños de población. Luego de analizar los resultados obtenidos por las distintas configuraciones sobre instancias de la literatura se muestra claramente que los valores obtenidos considerando la utilización de operadores no adaptados al problema son promisorios a nivel de cubrimiento y alineamiento de cadenas de ADN.

In this work, an analysis of the behavior of Cellular Genetic Algorithm applied to the Deoxyribonucleic Acid Fragment Assembly Problem (DNA-FAP) is presented. Twelveconfigurations of the algorithm were constructed based on two mutation operators and two sizes of population. After to analyse the results obtained for the different configurations over literature´s instances it is showed clearly that the values obtained -consider the use of nonproblem ready operators- are promising with respect to coverage level and alignment of DNA fragments.