Las branquias son los órganos destinados al proceso de respiración en los peces, estas están consideradas, entre las estructuras más delicadas del cuerpo de los teleósteos ya que están expuestas a sufrir daños de cualquier agente irritante, los cuales constituyen la causa más frecuente y significativa de sus cambios patológicos. Los objetivos del presente estudio son caracterizar las alteraciones branquiales desde los puntos de vista anatómico, histológico, además, determinar niveles de Ca, P y Zn del tejido óseo de la columna vertebral y cráneo de salmones afectados. Se utilizaron 47 salmones, divididos en dos grupos: control y con deformaciones, a los cuales se les realizaron análisis macroscópico, histológico, ultraestructural y de elementos. Se observaron alteraciones tanto en el contexto anatómico como histológico, así como gran presencia de bacterias y hongos que afectaban principalmente al primer arco, pudiendo concluir que los peces tendrían una susceptibilidad génica a la deformación branquial.