En este trabajo presentamos los resultados de una investigación, en el ámbito del estudio de la comprensión lectora de textos de Física, cuyo objetivo es caracterizar el nivel de comprensión que logran los estudiantes cuando leen un texto escolar a partir del estudio de las preguntas que formulan. Analizamos y clasificamos las preguntas que muestran no comprensión en diferentes niveles de representación del texto en la memoria, según se refieran estrictamente al texto o se generen al asociar los conocimientos explícitos que provee el texto con los conocimientos previos de los lectores. Esta metodología nos ha permitido examinar las preguntas desde dos aspectos: (1) utilizando un modelo de formulación de preguntas predecimos algunas preguntas, especialmente las que corresponden a los niveles superficial y base del texto y a la transición entre este último nivel y el modelo de la situación; y (2) considerando las preguntas generadas en la construcción de modelos de la situación, las clasificamos de acuerdo con una taxonomía que las distingue según la vinculación establecida entre la información del texto y los conocimientos previos. Los resultados de nuestra investigación se relacionan, primero con la predicción de un tercio de las preguntas de los estudiantes, a partir del modelo de formulación de preguntas. En segundo lugar, hemos podido determinar algunas características propias del resto de las preguntas del corpus, en particular aquellas que son más difíciles de predecir, en las que intervienen los conocimientos previos. Por último, las preguntas del corpus muestran que muchos estudiantes han logrado un nivel de comprensión que supera la base del texto intentando la construcción del modelo de la situación, para lo cual preguntan especialmente sobre características de objetos, procesos y relaciones causales.