Con el propósito de evaluar la presencia de Candida y Cryptococcus en una población de 131 psitácidas nativas mantenidas en cautiverio en un centro de rehabilitación de fauna silvestre localizado en Santiago, se colectaron 28 hisopados cloacales: 24 de choroy (Enicognathus leptorhynchus), especie endémica de Chile, y 4 de cachaña (Enicognathus ferrugineus). Veinticuatro levaduras se detectaron en 20 de los 28 Enicognathus sp. (71,4%). Candida famata fue la más frecuentemente aislada (8/28 muestras), seguida por Candida tropicalis (7/28), Cryptococcus laurentii (2/28), C. albidus (3/28), Rhodotorula sp. (2/28), Candida glabrata (1/28) y Cryptococcus neoformans (1/28). El presente estudio contribuye al conocimiento de la microbiota levaduriforme en aves psitácidas chilenas del género Enicognathus sp.