Identificação de patógenos com genoma de DNA em um metagenoma de sêmen humano

Identification of pathogens with DNA genome in a human semen metagenome

dc.contributorLanza, Daniel Carlos Ferreira
dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/8554649433942208
dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/6851351991421755
dc.contributorFerreira, Leonardo Capistrano
dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/2739353650933389
dc.contributorSilva, . Lívia Christina Alves da
dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/5154085020090977
dc.creatorOliveira, Maryana Thalyta Ferreira Câmara
dc.date2022-04-05T15:03:16Z
dc.date2022-04-05T15:03:16Z
dc.date2022-02-11
dc.identifierOLIVEIRA, Maryana Thalyta Ferreira Câmara de. Identificação de patógenos com genoma de DNA em um metagenoma de sêmen humano. 2022. 81 f. Monografia (Graduação em Biomedicina) – Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Natal, 2022.
dc.identifierhttps://repositorio.ufrn.br/handle/123456789/46797
dc.descriptionInfertility is a growing factor worldwide and has generated a great demand for assisted reproduction. Among the main etiological factors responsible for this infertility are infectious and inflammatory conditions. A total of 50% of all infertility described, in combination or alone, is due to the infertility of the male factor. In this study, the metagenomic approach and PCR were used to identify potential pathogens, with DNA genome, in seminal samples from patients undergoing assisted reproduction treatment. For the analysis, the DNA of a semen pool was evaluated by shotgun sequencing and the fragments were processed and aligned using BLASTn. In taxonomic characterization, approximately 25 genera and 120 species of bacteria were detected in the seminal sample and Gardnerella vaginalis was the bacterial species that presented the highest number of hits. Also in this study, 4 species of virus were identified, including HERVs, HHV-5 and HPV-16 and 2 species of protozoa, namely Plasmodium vivax and Toxoplasma gondii. In molecular detection, HPV and Toxoplasma gondii were negative, however, a pattern of positive bands was detected for the latter with the 18S primers. Finally, it was found that, as the research of the seminal microbiome is an approach of increasing scientific interest, the results obtained can be explored in future studies so that molecular protocols can be developed that facilitate the identification of these pathogens.
dc.descriptionA infertilidade é um fator crescente mundialmente e tem gerado uma grande demanda pela reprodução assistida. Entre os principais fatores etiológicos, responsáveis por essa infertilidade, estão as condições infecciosas e inflamatórias. Um total de 50% de toda infertilidade descrita, em combinação ou isoladamente, é devido à infertilidade do fator masculino. Neste estudo, a abordagem metagenômica e a PCR foram utilizadas para a identificação de potenciais patógenos, com genoma de DNA, em amostras seminais de pacientes em tratamento de reprodução assistida. Para a análise, o DNA de um pool de sêmen foi avaliado por sequenciamento shotgun e os fragmentos foram processados e alinhados usando BLASTn. Na caracterização taxonômica, aproximadamente 25 gêneros e 120 espécies de bactérias foram detectadas na amostra seminal e a Gardnerella vaginalis foi a espécie bacteriana que apresentou o maior número de hits. Também neste estudo foram identificadas 4 espécies de vírus, incluindo HERVs, HHV-5 e HPV-16 e 2 espécies de protozoários, sendo elas Plasmodium vivax e Toxoplasma gondii. Na detecção molecular, o HPV e Toxoplasma gondii foram negativos, entretanto, um padrão de bandas positivas foi detectado para este último com os primers 18S. Por fim, constatou-se que, como a pesquisa do microbioma seminal é uma abordagem de crescente interesse científico, os resultados obtidos poderão ser prospectados em estudos futuros para que sejam desenvolvidos protocolos moleculares que facilitem a identificação desses patógenos.
dc.formatapplication/pdf
dc.languagept_BR
dc.publisherUniversidade Federal do Rio Grande do Norte
dc.publisherBrasil
dc.publisherUFRN
dc.publisherBiomedicina
dc.publisherDepartamento de Bioquímica
dc.rightsAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil
dc.rightshttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/
dc.rightsLOCKSS system has permission to collect, preserve, and serve this Archival Unit
dc.subjectMicrobioma humano
dc.subjectAnálise seminal
dc.subjectMetagenômica
dc.subjectInfertilidade masculina
dc.subjectDiagnóstico
dc.subjectReprodução assistida
dc.subjectHuman microbiome
dc.subjectSeminal analysis
dc.subjectMetagenomic
dc.subjectMale infertility
dc.subjectDiagnosis
dc.subjectAssisted reproduction
dc.titleIdentificação de patógenos com genoma de DNA em um metagenoma de sêmen humano
dc.titleIdentification of pathogens with DNA genome in a human semen metagenome
dc.typebachelorThesis


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