bachelorThesis
Análise filogenética da variante Gamma (p.1) do SARS-COV-2 circulante no estado do Rio Grande do Norte
Phylogenetic analysis of the gamma variant (p.1) of SARS-COV-2 circulating in the state of Rio Grande do Norte
Registro en:
PEREIRA, Raíssa Liane do Nascimento. Análise filogenética da variante Gamma (P.1) do SARS-COV-2 circulante no estado do Rio Grande do Norte. 2022. 98 f. Monografia (Graduação em Ciências Biológicas) – Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Natal, 2022.
Autor
Pereira, Raíssa Liane do Nascimento
Resumen
One of the biggest health crises was due to the new coronavirus, which initially caused a Public Health Emergency of International Concern (PHEIC) in early 2020 and was then declared by the World Health Organization as a pandemic. The first cases were reported in late 2019 in Wuhan Province, China. Since then, epidemiological investigations with patients have been initiated. Soon after, the virus reached European countries until it reached other continents. The present study aims to evaluate the phylogenetic analysis and phylogeography of the SARS-cov-2 gamma variant in the state of Rio Grande do Norte. Phylogenetic analysis of SARS-CoV-2 genomes was used to study the evolutionary history of the virus and helps to infer its probable origin in Brazil and the State of Rio Grande do Norte. In this way, nasal secretion samples from patients suspected of having SARS-CoV-2 infection from different regions of Rio Grande do Norte were subjected to the viral RNA extraction process and real-time RT-PCR at the Central Health Laboratory. of Rio Grande do Norte (LACEN/RN). Subsequently, those that tested positive were sent to Instituto Oswaldo Cruz (RJ) for molecular characterization through genetic sequencing and deposited in the Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID) platform. From this analysis, it is suggestive that the gamma variant originated in March 2021 in Manaus in the state of Amazonas and was distributed across adjacent states and countries. The analysis also indicated that in Rio Grande do Norte the initial introduction occurred from samples from São Paulo, but then there were also introductions with ancestry from Pernambuco and Amazonas, thus spreading rapidly throughout the state. The lack of scientific knowledge about the virus was the biggest challenge to fight it, however with the sequencing technology it was possible to discover essential information that contributed to the production of vaccines and to understand its dynamics, favoring the reduction of cases, in addition to providing monitoring of the dissemination almost in real time on a global scale. CNPQ Uma das maiores crises sanitárias foi devido ao novo coronavírus provocou, à princípio, uma Emergência de Saúde Pública de Importância Internacional (ESPII) no início de 2020 e em seguida foi declarado pela Organização Mundial de Saúde como uma pandemia. Os primeiros casos foram notificados no final de 2019 na Província de Wuhan, na China. Desde então foram iniciadas investigações epidemiológicas com os pacientes. Logo em seguida, o vírus alcançou países da Europa até atingir os outros continentes. O presente estudo tem como objetivo avaliar a análise filogenética e a filogeografia da variante gama do SARS-cov-2 no estado do Rio Grande do Norte. A análise filogenética dos genomas do SARS-CoV-2 foi utilizada para o estudo da história evolutiva do vírus e ajuda a inferir sua provável origem no Brasil e no Estado do Rio Grande do Norte. Dessa maneira, as amostras de secreção nasal provenientes de pacientes suspeitos da infecção por SARS-CoV-2 de diferentes regiões do Rio Grande do Norte foram submetidas ao processo de extração do RNA viral e à RT-PCR em tempo real no Laboratório Central de Saúde Pública do Rio Grande do Norte (LACEN/RN). Posteriormente, aquelas que tiveram resultado positivo foram enviadas para o Instituto Oswaldo Cruz (RJ) para a caracterização molecular por meio do sequenciamento genético e depositadas na plataforma Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID). A partir dessa análise é sugestivo que a variante gama teve sua origem em março de 2021 em Manaus no estado do Amazonas e se distribuiu pelos estados e países adjacentes. A análise também indicou que no Rio Grande do Norte a introdução inicial ocorreu a partir de amostras de São Paulo, mas em seguida também houveram introduções com ancestralidade de Pernambuco e Amazonas, dessa maneira se propagou rapidamente por todo o estado. A deficiência de conhecimentos científicos sobre o vírus foi o maior desafio para combatê-lo, no entanto com a tecnologia do sequenciamento foi possível descobrir informações essenciais que contribuíram para a produção de vacinas e entender sua dinâmica, favorecendo a diminuição de casos, além de fornecer o acompanhamento da disseminação quase que em tempo real em escala global.