A pandemia causada pelo COVID-19 provocou transformações na organização social do trabalho, ocasionada principalmente pela expansão do trabalho remoto, e afetou trabalhadoras e trabalhadores brasileiros, já prejudicados pelas sucessivas reformas trabalhistas e previdenciárias realizadas especialmente no decorrer das últimas três décadas. Com o trabalho docente não foi diferente. O presente artigo possui dois objetivos principais: o primeiro foi identificar as transformações ocorridas na organização do trabalho docente no ensino superior durante o período pandêmico. A partir da caracterização das mudanças, nós nos direcionamos ao segundo objetivo, que foi analisar de que forma as condições materiais, físicas e emocionais afetam os docentes no momento da pandemia. Adotamos na pesquisa um delineamento qualitativo, que contou com a realização e a análise de conteúdo de 18 entrevistas com professores e professoras, que atuaram durante o primeiro semestre de 2020 ministrando aulas para cursos de graduação e especialização em Administração e Contabilidade. Os resultados indicam que as adaptações emergenciais realizadas na organização do trabalho e a inadequação dos recursos materiais disponíveis sobrecarregaram os professores com novas funções e atividades, com efeitos prejudiciais às suas condições físicas e psicológicas. A ausência de suporte institucional ao trabalho docente foi também um traço marcante identificado no período.