Tesis
Algoritmos genéticos para filogenia viva com matriz de características
Fecha
2018-11-27Registro en:
FERNANDES, Rafael Lins. Algoritmos genéticos para filogenia viva com matriz de características. 2018. ix, 86 f., il. Dissertação (Mestrado em Informática)—Universidade de Brasília, Brasília, 2018.
Autor
Fernandes, Rafael Lins
Institución
Resumen
O conceito de filogenia viva generaliza o de árvore filogenética, admitindo organismos
vivos como ancestrais. Os problemas da filogenia pequena e da filogenia grande são
naturalmente estendidos para filogenia viva. Neste trabalho, inicialmente, introduzimos
modificações nos algoritmos de Fitch e de Sankoff para resolver o problema da filogenia
viva pequena. Em seguida, propusemos um algoritmo genético que usa os algoritmos
de Fitch (ou Sankoff) para resolver o problema da filogenia viva grande, com matriz de
características como entrada. A partir do método proposto, desenvolvemos experimentos
com dados de alinhamentos múltiplos de vírus H1N1 e H2N3, de diferentes países
(Estados Unidos, Rússia, Coréia do Sul, Taiwan, Itália e China). As filogenias obtidas
mostraram um agrupamento de vírus de regiões próximas. Quando essas filogenias vivas
foram comparadas com uma filogenia gerada pelo Phylip, observamos agrupamentos muito
semelhantes. Por fim, executamos o método usando um alinhamento múltiplo de diversas
leituras da região env do vírus HIV de um mesmo paciente, por um certo período de
tempo, variando o número de nós vivos. Comparamos essas filogenias vivas com uma filogenia
gerada pelo PAUP, observando que os agrupamentos foram coerentes com períodos
próximos de coleta.