A multiplicidade de fatores que envolve o controle das infecções tem dificultado a implementação de um efetivo programa de prevenção e controle e representa desafios cada vez maiores aos profissionais de saúde. Este estudo de abordagem qualitativa visa identificar, entre os enfermeiros, os desafios para o controle de infecção hospitalar. Participaram do estudo enfermeiras candidatas ao curso de especialização em controle de infecção hospitalar. Os relatos foram obtidos por livre registro das participantes que, a partir de suas experiências e visões discorreram acerca da questão norteadora: os desafios no controle de infecção nas instituições de saúde. Após leitura exaustiva, apreendemos seis categorias de análise que englobam em suas estruturas, subcategorias explicitadas pelos sujeitos como desafios para o controle de infecção: estrutura organizacional; batalha biológica; envolvimento profissional; capacitação profissional; epidemiologia das infecções; medidas de prevenção e controle. Os desafios encontrados vão desde a adoção de medidas simples de controle até a complicada estrutura organizacional das instituições normatizadoras, provedoras e executoras. Entretanto, os maiores desafios apontados foram as políticas instituídas, as relações de trabalho e o pouco envolvimento dos profissionais