Identificación preliminar de genes degradadores de camfor de la familia Citocromo P450 en cepas aisladas de biosólidos y suelos contaminados con Toxafeno

Abstract

En el presente trabajo de grado se evaluaron cebadores diseñados por Prieto (2014), para amplificación de secuencias de citocromo P450 en bacterias que fueron aisladas de biosólidos (Bacillus badius cepa BS1, Gordonia desulfuricans cepa BS2, Rhodococcus ruber cepa BS4, y Xanthobacter sp cepa BS4) y suelos contaminados con toxafeno (Pandoraea vervacti cepa CS1, Pandoraea vervacti cepa CS2 y Sphigonomas histidinilytica cepa CS3). Para lograr esto, se utilizaron cinco cebadores diseñados en el laboratorio de unidad de saneamiento y biotecnología ambiental (CL, LCT, CT, LT y CN) y un cebador (A) diseñado con base en el trabajo realizado por Hyun et al, (1998). Para la optimización de las condiciones de PCR, primero se evaluaron los seis cebadores con una temperatura de anillamiento de 50ºC, cuando se presentó amplificación con el tamaño del producto de PCR esperado, se realizó un gradiente de temperatura de anillamiento entre 50ºC y 69°C. Con el fin de optimizar las condiciones de PCR, también se utilizaron dos concentraciones de MgCl2 (1,5 y 3 mM). Los resultados que se obtuvieron en este trabajo, consistieron en la optimización de las condiciones de PCR para los cebadores CL, A, LCT y CL; Para el cebador A, la optimización se llevó a cabo con una cepa: Pandoraea vervacti cepa CS1, y presentó amplificación en Pandoraea vervacti cepa CS2 y Sphigonomas histidinilytica cepa CS3. Los productos de PCR que fueron amplificados en estas cepas, se clonaron y fueron secuenciados. Los resultados de la secuenciación de los clones, fueron diversos, arrojaron familias de Citocromo P450, permeasas de membrana, proteínas anticongelantes tipo III, aspartato-alanina antiporte. Para el cebador CL (749-803pb) amplifico en Bacillus badius cepa BS1. Con respecto a los cebadores LCT (745- 799pb) y CT (749-803pb), se observó una amplificación en Xanthobacter sp., cepa BS4, pero no se alcanzó optimizar las condiciones de PCR para estos cebadores. Aunque no se contaba con un control positivo en este trabajo de grado, se sugiere que la mayoría de los cebadores tiene una baja especificidad para las regiones del citocromo P450.