O conhecimento da variabilidade genética é de fundamental importância para a identificação de genótipos superiores no início de um programa de melhoramento genético das culturas em geral. Objetivou-se avaliar a variabilidade genética em 38 genótipos de feijão-caupi de porte ereto e ciclo precoce por meio de marcadores RAPD e ISSR. O material foi proveniente do Banco de Germoplasma da Universidade Federal do Ceará e do programa de melhoramento genético de feijão-caupi da Embrapa Meio Norte. As extrações de DNA foram realizadas de acordo com o protocolo de Doyle e Doyle. Dez iniciadores RAPD geraram 71 bandas polimórficas (88,75%) com 7,1 marcadores por iniciador, já nove iniciadores ISSR produziram 47 bandas polimórficas (75,81%) com 5,22 marcadores por iniciador. Pela análise de agrupamento, o genótipo CE-748 apresentou-se distinto dos demais e os genótipos AU 94-MOB-816 e UCR 95-701 apresentaram o maior grau de similaridade entre os avaliados. Os marcadores RAPD e ISSR foram eficientes em detectar o polimorfismo entre os genótipos de feijão-caupi de porte ereto e ciclo precoce.2015