Blastocystis sp. es un parásito gastrointestinal de distribución mundial con alta prevalencia en Perú. Su presencia está relacionada a diferentes manifestaciones clínicas como diarrea, distensión, dolor abdominal, náuseas, vómitos, entre otros y a algunas patologías como síndrome de colon irritable y cáncer de colon. La determinación microscópica de este parásito sólo permite reconocer su presencia, más no identificar los subtipos presentes, ni relacionarlo con la sintomatología presentada por los pacientes. Este trabajo se realizó con el objetivo de identificar los subtipos genéticos 1, 2 y 3 de Blastocystis sp. (más prevalentes en Sudamérica), por PCR convencional en la ciudad de Arequipa y asociarlos a la sintomatología observada en los participantes. Se procesaron 50 muestras de heces frescas, siendo 25 de personas sintomáticas y 25 de personas asintomáticas. Las muestras fueron analizadas en el laboratorio de Genética de Facultad de Ciencias Biológicas de la Universidad Nacional San Agustín de Arequipa. Se realizó la estandarización de los parámetros de PCR específicos para los subtipos estudiados y se identificaron los subtipos con una proporción de 52% de infección única, 14% de infección mixta y 34% de infección por subtipo diferente a los estudiados. Los análisis de Chi cuadrado muestran que no existe relación entre los subtipos de Blastocystis sp. y la sintomatología presentada en los participantes (p>0.05). Tampoco se encontró asociación entre infecciones únicas y mixtas de subtipos de Blastocystis sp. con la sintomatología presente (p>0.05). Se concluye que los subtipos genéticos 1, 2 y 3 de Blastocystis sp. se encuentran en el 26%, 18% y 38% de la población estudiada, considerando que algunos participantes presentan más de un subtipo de Blastocystis sp., existiendo un 34% de la población con subtipos diferentes a los mencionados. La sintomatología presente en los participantes sintomáticos de este estudio no está asociada a la presencia de los subtipos 1, 2 y 3 de Blastocystis sp., pudiendo ser otras la razones que ocasionen dicha sintomatología.Tesis