El género Oligoryzomys incluye varias especies distribuidas desde México hasta el sur del continente americano. Las relaciones filogenéticas dentro de este grupo han sido estudiadas por varios autores, sin embargo Oligoryzomys arenalis, una especie endémica de Perú, no fue incluida en ningún estudio molecular anterior a este. Secuencias de dos genes, uno mitocondrial (citocromo b) y uno nuclear (IRBP) se utilizaron para producir una filogenia molecular del género Oligoryzomys. Todos los análisis realizados refuerzan la monofilia del género. En los análisis de citocromo b se tuvo como taxón hermano de las demás especies a Oligoryzomys mattogrossae, mientras que con IRBP y genes combinados el taxón más basal fue Oligoryzomys microtis. La posición de Oligoryzomys arenalis dentro de los árboles, indica que pertenece al grupo “flavescens” junto a O. flavescens, O. fornesi y Oligoryzomys sp. B lo que no coincide con estudios previos realizados a partir de morfología, biogeograficamente este clado implicaría que las especies de la Costa del Pacifico y las del oeste del continente, en algún momento mantuvieron distribuciones generalizadas en ambos lados de los Andes. El reloj molecular derivado de estos datos sugiere que el origen de Oligoryzomys ocurrió aproximadamente hace 3.63 Ma.Tesis